El clima es subtropical con veranos cálidos y lluviosos, inviernos templados y húmedos y primaveras cálidas y secas. Las precipitaciones son abundantes en la ladera oriental de la Sierra de San Javier con un promedio anual que fluctúa entre los 1300 y 1600 mm. En general estas precipitaciones se concentran en el período verano-otoño, entre los meses de octubre hasta abril, y muy especialmente. Entre diciembre y marzo cuando se produce el 70% de las lluvias.

Durante el año se pueden diferenciar 2 formas de lluvia distintas desde el punto de vista genético:

Lluvia convectiva o “lluvia vertical“ (predominante entre noviembre a marzo). Es de corta duración y alta intensidad. Puede estar mezclada con granizo y afecta una superficie limitada.

Lluvia de frente o “lluvia horizontal” representada por la neblina. Es la más importante fuente de agua durante el semestre de invierno (mayo a setiembre). Tiene su origen en los frentes fríos y húmedos del sur. Esta elevada humedad favorece el desarrollo de un tipo biológico de plantas conocidas como epífitas.

La trama tortuosa y cerrada de la vegetación forma una especie de red “atrapa niebla” que intercepta la neblina y la hace precipitar permitiendo que se escurra suavemente hacia el interior del bosque y se infiltre en el suelo. El agua de las fuertes lluvias también se infiltra gracias a que el follaje, las ramas, los tallos y la hojarasca del bosque actúan como un colchón que reduce el impacto de las gotas de agua y minimiza el efecto erosivo.

Por esto decimos que las Yungas “actúan como una gigantesca esponja” que captura el agua y la va liberando gradualmente a los arroyos y ríos. Las nacientes de los mismos se esconden a veces en los pastizales de altura recogiendo, en su descenso, el agua que la densa vegetación permitió infiltrar.

Es así como se carga el suelo de humedad y se mantiene el flujo de las vertientes todo el año, permitiendo la existencia de napas que luego captan los pozos del pedemonte y la llanura.

La temperatura media anual es de 18.8 ºC en el pedemonte mientras que en el sector cumbral es de 13,9 ºC. Durante el invierno suelen registrarse algunas heladas y, ocasionalmente, algunas nevadas.

Los suelos se caracterizan por tener pendientes pronunciadas que supera el 30%. Esto produce escurrimientos rápido a muy rápidos por lo que la pérdida de suelo por erosión puede ser un factor muy importante, lo que se agrava por las características torrenciales de las precipitaciones.